Si ricorre ai farmaci antiretrovirali anche a scopo profilattico, dopo esposizione al rischio di infezione HIV. Questi farmaci devono essere assunti dopo l'esposizione al rischio, se possibile nelle primissime ore al più tardi entro 72 ore dall'infortunio/rapporto. La ART deve essere applicata per quattro settimane. Si spera così di eliminare sin dall'inizio tutti i virus HIV prima che si diffondano e si annidino in tutto l'organismo.
La PEP si applica in caso di infortunio professionale del personale medico, per esempio in caso di puntura di ago sporco di sangue infetto. Secondo alcuni studi si è potuto ridurre dell'80% rischio di contagio dovuto punture o ferite di aghi un bisturi contaminati. La profilassi post esposizione ad HIV può essere applicata, almeno in teoria, anche a coloro che potrebbero essersi infettati a seguito di rapporto sessuale non protetto con una persona sieropositiva. Sull'efficacia della PEP in questi casi non sappiamo tuttora molto. Essa dunque non può considerarsi come metodo preventivo in caso di rischio per rapporti sessuali non protetti. Il ricorso alla PEP appare opportuno in caso, per esempio, di violenza carnale.