L'endometriosi è una malattia benigna ma spesso progressiva. Le particelle della mucosa aderenti al peritoneo, subiscono le stesse modificazioni cicliche delle cellule normali dell'utero. A differenza di queste ultime, tuttavia, provocano un'emorragia che non può defluire all'esterno come la mestruazione, ma si raccoglie nella cavità addominale. Questo porta vari disturbi, come dolori, turbe organiche o perfino danni a carico dei tessuti. Anche la sterilità può esserne una conseguenza. Più raramente particelle della mucosa vengono trasportate attraverso la circolazione linfatica (ad esempio nell'ombelico) o quella ematica (come ad esempio nei polmoni).
L'endometriosi progredisce per lo più con il passare del tempo. Continuano a formarsi sempre nuove focolai di mucosa, comportando un aumento dei disturbi. Ad ogni sanguinamento dei focolai endometrio si ha una reazione infiammatoria nell'area circostante. Inoltre, particelle della mucosa aderiscono oppure infiltrano altri organi (vescica, intestino, eccetera). Ciò può alterare la funzionalità degli organi colpiti e determinare sintomi tipici come dolori renali, dolori durante l'evacuazione o la minzione. Così pure è possibile la comparsa di coliche di dolori diffusi al basso ventre. L'obiettivo di ogni trattamento consiste nell'interrompere questo processo, ossia interferire con i meccanismi alla base dell'endometriosi, impedendo che si estenda e si sviluppi ulteriormente.