All'inizio della malattia i dolori si manifestano soprattutto durante le mestruazioni oppure si presentano solo in situazioni particolari come ad esempio dopo un rapporto sessuale, durante la minzione o la defecazione.
L'endometriosi spesso provoca disturbi inizialmente modesti, che diventano poi progressivamente più forte e a volte intollerabili (dolori cronici, ciclici oppure persistenti, nella zona del basso ventre).
Il quadro delle manifestazioni dell'endometriosi è molteplice. Il grado di gravità della malattia non sempre corrisponde all'intensità dei sintomi. I disturbi variano a seconda dell'invasione endometriosi, e a seconda dell'interessamento dei vari organi. I danni che ne derivano, come aderenze e cicatrici, provocano dolori anche indipendenti dal ciclo.
Oltre dolori specifici dell'endometriosi provoca nel proprio campo d'azione, molte donne che ne sono affetti riferiscono anche sintomi poco specifici che possono interferire sensibilmente sulle loro condizioni generali. Questi sintomi sono rappresentati, ad esempio da un senso generale di malessere, disturbi addominali diffusi, senso di pesantezza, mancanza di forza, stanchezza cronica e sbalzi d'umore.