Dato che i focolai d' endometriosi vengono attivati dagli stessi ormoni sessuali femminili (estrogeni e progestinici), i trattamenti farmacologici sono indirizzati alla regolazione o soppressione dell'effetto di questi ormoni. Ciò viene ottenuto, ad esempio, con l'assunzione di ormoni del corpo luteo (progestinici) o di una pillola anticoncezionale. Nel caso sia necessaria una completa soppressione della funzione ovarica, la formazione di estrogeni viene impedita mediante trattamento con i cosiddetti agonisti del GnRH, che consente di prosciugare i focolai endometriosici. È così possibile attenuare il dolore ed ostacolare la nuova formazione di focolai endometriosici. La soppressione farmacologica della formazione di ormoni provoca una menopausa temporanea, con i relativi fenomeni che l'accompagnano. L'entità delle vampate, della riduzione della massa ossea, dei cambiamenti d'umore, eccetera, è tuttavia molto variabile. I sintomi concomitanti possono essere alleviati mediante la somministrazione di particolari ormoni a basso dosaggio.