Il trattamento dell'infertilità è materia da specialisti. La rimozione dei focolai endometriosici con contemporanea conservazione ripristino dell'integrità degli organi colpiti esige tecniche chirurgiche particolarmente delicate. Gli interventi per sanare le tube le ovaie, se eseguiti con precisione, portano all'eliminazione dell'endometriosi e inoltre rendono spesso possibile la comparsa spontanea di una gravidanza. Queste operazioni vengono eseguite mediante laparoscopia. I trattamenti farmacologici sono un prezioso complemento. Essi servono soprattutto per alleviare i dolori e per ridurre le reazioni infiammatorie prima e dopo l'intervento chirurgico. L'assunzione di una pillola anticoncezionale fino a quando la coppia decida di avere figli, può impedire o almeno rallentare lo sviluppo di una recidiva. La probabilità di successo sono in genere buone se viene scelta la terapia più adatta (chirurgia, fecondazione in vitro, e/o la loro combinazione). I dati basati sull'esperienza di centri specialistici indicano che, entro l'anno, circa l'80% delle donne sterili per endometriosi rimane incinta. A volte sono necessari parecchi cicli di fecondazione in vitro.