La probabilità di successo sono in genere buone anche in caso d'endometriosi complessa, soprattutto quando il problema è stato ben individuato ed il trattamento ben mirato. La programmazione di un piano terapeutico individuale, adattato su misura alla singola paziente non è compito facile; si basa su una precisa diagnosi e deve essere elaborata, insieme alla paziente. Un problema da non sottovalutare è il fatto che l'endometriosi a volte un decorso cronico e può sempre rinfiammarsi. Ciò significa che, anche dopo un successo iniziale del trattamento, le recidive sono possibili. Non è raro che un paziente abbia ancora dolore dopo la terapia perché il trattamento è stato insufficiente. Una rimozione chirurgica accurata e completa, se necessario con trattamento postoperatorio successivo, lo rappresenta la difesa migliore nei confronti delle recidive.