L'obiettivo delle diverse terapie è quello di consentire le pazienti di recuperare, almeno in parte, il loro benessere e la loro qualità di vita, dal punto di vista sia fisico che psichico. Ogni forma di terapia deve essere ponderata e accuratamente definita. La sospetta recidiva di una cisti endometriosica, ad esempio, non sempre rappresenta l'indicazione per un intervento chirurgico. Se invece queste cisti sono causa di disturbi o se la coppia desidera subito un figlio, è necessario agire. Dato che la mestruazione retrograda ha un ruolo importante nello sviluppo e il decorso dell'endometriosi, le pazienti possono recuperare il loro benessere fisico mediante la sospensione farmacologico delle mestruazioni, ad esempio con l'assunzione continua di una pillola anticoncezionale.