Le infezioni micotiche spesso non sono distinguibili dalle infezioni cutanee batteriche. Pertanto, spesso non è facile porre una diagnosi corretta.
Gli stessi funghi sono in grado di causare quadri patologici diversi. Ed è vero anche il contrario: gli stessi quadri patologici possono essere causati da funghi diversi. Ciò rende le micosi delle malattie spesso resistenti e difficilmente curabili. Nel porre la diagnosi, devono essere escluse altre cause che possano giustificare i disturbi presenti, come allergie o disturbi circolatori.
Poi è indispensabile determinare lo specifico agente patogeno responsabile della micosi. Ciò avviene mediante un esame microscopico delle squame provenienti dalla regione ammalata, oppure allestendo una coltura dei funghi. La micosi dei piedi è di solito diagnosticabile dall’aspetto tipico della cute. Nel caso della micosi delle unghie è consigliabile allestire una coltura onde permettere una terapia mirata sul germe responsabile. Anche nel caso della pitiriasi, la malattia del cuoio capelluto causata da Pityrosporum ovale, la dimostrazione avviene mediante una coltura oppure alla luce di Wood.